辣椒定植前使用硫酸铜进行消毒，一般在浸种后进行。如在种子浸种吸胀（种子吸饱水分）后，将种子浸入1%的硫酸铜溶液约5分钟则可。对于植地中的土壤消毒，一般不宜再使用硫酸铜，因为一旦投入量过多或不均匀，是有可能造成植株出现铜中毒的现象。
一般在定植前5天用代森锰锌、多菌灵、甲基硫菌灵等杀菌剂对植地进行消毒。如用80%代森锰锌或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂，每平方米用6-10克与10厘米表土混匀，淋透水，用薄膜覆盖约3天后揭膜定植。
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